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分子生物實驗室主要研究核酸等生物大分子的功能、形態(tài)結構特征。實驗室現有儀器：梯度PCR儀、水平電泳、垂直電泳儀、變性梯度凝膠電泳儀、凝膠成像系統、蛋白核酸分析儀等先進儀器，可做聚合酶鏈式反應、聚丙烯酰胺凝膠電泳、瓊脂糖凝膠電泳、變性梯度凝膠電泳等分子實驗。其中多數儀器是為基礎研究而設，可從分子學角度改良水處理過程中菌種，結合微生物實驗室的菌體培養(yǎng)技術，使微生物能更適應、更好的為水處理工藝服務，同時也可為科研人員提供相應層次的試驗環(huán)境和科研服務。